Шизоаффективный психоз является длительно текущим заболеванием. Он развивается в виде приступов, для клинической картины которых характерно сочетание свойственных аффективному психозу циркулярных аффективных расстройств и характерных для шизофрении бредовых симптомов. В клинической картине и динамике приступа отмечается несколько этапов, отражающих чередование расстройств разного психопатологического уровня: этап циркулярных аффективных расстройств сменяется периодом формирования аффективного бреда, а на следующей стадии происходит видоизменение циркулярного аффекта в бредовой с развитием неаффективных бредовых синдромов, которые на одном из этапов вытесняют аффективные. Реже аффективные и бредовые расстройства сосуществуют в картине заболевания. На этапе развернутых бредовых расстройств состояние больных обычно отличается остротой и их, как правило, госпитализируют, тогда как остальные стадии болезни могут протекать амбулаторно.

Манифестация психоза возможна как в подростково-юношеском (до 18 лет), так и в зрелом возрасте, в том числе и в период инволюции. Манифестные шизоаффективные приступы в течение заболевания могут рецидивировать или сменяться приступами аффективной структуры и перемежаться ремиссиями с остаточной аффективной и бредовой симптоматикой (или без нее) и относительно сохранной социально-трудовой адаптацией. В целом характерно благоприятное течение заболевания без заметной прогредиентности, при котором не обнаруживаются личностные сдвиги с формированием грубых негативных изменений, а тем более шизофренического дефекта. Чаще отмечается лишь заострение преморбидных личностных особенностей.

В динамике шизоаффективного психоза как заболевания можно выделить доманифестный этап, манифестные приступы и перемежающие их ремиссии. Характеристика неаффективных бредовых расстройств в приступе и особенности бредообразования в наибольшей степени отражают клинический прогноз болезни и определяют ее форму. Каждому из бредовых синдромов в приступе соответствуют предпочтительные полюс и тип аффективных расстройств.